1简介和设置

QIIME2是微生物组分析流程QIIME(截至17.7.13被引77七十三遍)的全新版(不是晋升版),选择python3簇新编写,并于二〇一八年三月圆满接档QIIME,是意味着末来的分析方法标准(大牌们制定办法标准,大家跟着用就好了)。

安装

设置方式比较简单,参照官网:https://docs.qiime2.org/2017.8/install/native/\#install-miniconda

 

附1. 宗旨概念

原稿链接:https://docs.qiime2.org/2017.8/concepts/ 

想要深远明白QIIME2的辨析进度,QIIME定义的基本概念必要通晓一下。 

  1. 数据文件: 人工产品 (artifacts) 

QIIME2为了使分析流程标准化,分析进程可再度,制定了合并的辨析进程文件格式.qza;qza文件类似于3个查封的系统,里面包涵原始数据、分析的进度和结果;这样保障了文件格式的正统,同时能够追溯每一步的辨析,以及图片绘制参数。这一方案为落到实处今后可重复的解析提供了根基。比如小说投稿,同时提供分析进度的文件,旁人能够平素攻读或重新实验结果。 

  1. 数据文件:可视化(visualizations) 

QIIME2生成的图形结果文件类型,以.qzv为扩展名,末尾的v代表visual;它同qza文件类似,包含分析方法和结果,方便追溯图表是哪些爆发的;唯一与qza不一致的,它是分析的终极,即结果的显现,不会在流程中再三再四分析。可视化的结果包罗总计结果表格、交互式图像、静态图片及任何组合的可视化显示。那类文件能够使用QIIME2
qiime tools view命令查看,不安装程序也可在线 https://view.qiime2.org
导入突显; 

  1. 语义类型(Semantic types) 

QIIME2每步分析中生出的qza文件,都有照应的语义类型,以便程序识别和剖析,也幸免用户引入不创设的辨析进度(如使用末标准化的OTU表展开多样性分析)。掌握分析各步的结果,才能对分析有更深切和周到的认识。 

  1. 插件(Plugins) 

QIIME第22中学的某些特定功用即为插件,比如拆分样品、Alpha各类性分析等。插件每一种人都得以支付,种类已经由社区支出了条件分析的插件,其余用户按其标准支付的一定分析,并可与团队交换发表,或整合入平台。 

  1. 方法和可视化 

艺术是对QIIME2定义的输入格式实行操作的经过,并产生标准格式的输出,以便于后续分析,输入和出口均为qza文件;可视化是对定义的正式输入,发生总括报表或可视化图形,方便用户解读,输入为qza格式,输出为qzv,文件不但包蕴结果,还包罗处理的解析命令和参数,方便重复和检讨分析进度是不是确切。

 

微生物,附2. Glossary 名词解释

Action 方法或可视化的动作

A general term for a method or visualizer.

 

Artifact 本流程定义的文件格式,存款和储蓄数据和剖析结果

Data that can be used as input to a QIIME method or visualizer, or that
can be generated as output from a QIIME method. Artifacts typically have
the extension .qza when written to file.

 

Method 对Artifact分析的法门

An action that takes some combination of artifacts and parameters as
input, and produces one or more artifacts as output. These output
artifacts could subsequently be used as input to other QIIME 2 methods
or visualizers. Methods can produce intermediate or terminal outputs in
a QIIME analysis.

 

Parameter 参数,软件或措施中可调动的有个别

A primitive (i.e., non-artifact) input to an action. For example,
strings, integers, and booleans are primitives. Primitives are never
output from an action.

 

Pipeline 流程,一系统一分配析方法的串联

A combination of actions. This is not yet implemented.

 

Plugin 插件,可扩展的作用

A plugin provides microbiome (i.e. domain-specific) analysis
functionality that is accessible to users through a variety of
interfaces built around the QIIME 2 framework. Plugins can be developed
and distributed by anyone. In more technical terms, a plugin is a Python
3 package that instantiates a qiime2.plugin.Plugin object, and registers
actions, data formats, and/or semantic types that become discoverable in
the QIIME 2 framework.

 

Result 分析结果

A general term for an artifact or visualization. A result is produced by
a method, visualizer, or pipeline.

 

Visualization 可视化,把多少绘制成图表方便查看和剖析原理

Data that can be generated as output from a QIIME visualizer.
Visualizations typically have the extension .qzv when written to file.

 

Visualizer 可视化学工业具,将结果可视化的软件

An action that takes some combination of artifacts and parameters as
input, and produces exactly one visualization as output. Output
visualizations, by definition, cannot be used as input to other QIIME 2
methods or visualizers. Visualizers can only produce terminal output in
a QIIME analysis.

 

附3. 常用的语义类型semantic types

原来的小说链接:https://docs.qiime2.org/2017.8/semantic-types/

 

FeatureTable[Frequency]:
频率,即Feature表(OTU表),为每一种样品中对应OTU出现频率的表格

 

FeatureTable[RelativeFrequency]:
相对频率,OTU表口径为百分比的相度丰度

 

FeatureTable[PresenceAbsence]:
OTU有无表,显示样本中某些OTU有或无的报表

 

FeatureTable[Composition]: 组成表,每一种样品中OTU的频率

 

Phylogeny[Rooted]: 有根进化树

 

Phylogeny[Unrooted]: 无根进化树

 

DistanceMatrix: 距离矩阵

 

PCoAResults: 主成分分析结果

 

SampleData[AlphaDiversity]: Alpha八种性结果,来自样本自个儿的解析

 

SampleData[SequencesWithQuality]:
带质量的行列,须要有质量值,必要种类名称与样品存在对应关系,如为按样品拆分后的多寡格式

 

SampleData[PairedEndSequencesWithQuality]:
成对的带质量体系,供给连串ID与样品编号存在对应关系;

 

FeatureData[Taxonomy]: 每一个OTU/Feature的分类学新闻

 

FeatureData[Sequence]: 代表性类别

 

FeatureData[AlignedSequence]: 代表性系列进行多连串比对的结果

 

FeatureData[PairedEndSequence]:
双端连串实行聚类或去噪后,分类好的OTU或Feature

 

EMPSingleEndSequences:
选拔地球微生物组安排正式实验方法发生的单端测序数据;

 

EMPPairedEndSequences:
采取地球微生物组布署正式实验艺术发生的双端测序数据;

 

TaxonomicClassifier: 用于物种注释的分类软件

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