扩大与扩充子图表解读8互连网图

网络图 Network

微生物 1

网络图纵然给人高大上的感到,不过由于音讯太多,不只怕给读者提供读有效的可读音讯大概读者不通晓该知道什么,总是令人望尔却步。那是因为我们太不打听网络,自个儿读不懂网络想发挥的情致及其首要。

 

之所以小编要举2个网络分析首要的事例,大家都清楚二零一三年诺Bell奖得主Yamanaka建议的诱导干细胞的四因子,其时在头里早已有多篇网络分析作品提议了那四因子,只是Yamanaka是首先试行求证的。值得一提的是这篇获得诺奖的Cell小说只有多个一作和1个简报,据説是立时那课题没人看好,也没人支持,全是一作自身干的。

 

互连网绘制工具

 

以OTU共丰度网络为例,常用的工具有MENA, LSA, SparCC和
CoNet多样网络创设格局,可视化的片段常用Cytoscape。详细的翻译见作品:微生物相关互联网营造教程中文http://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/73148650

 

网络图的选取

 

一 、呈现群众体育内个体间的关系;正/负/无相关

二 、展现群众体育内间的调节和控制提到,具体可分类多少个惊人相关的子网络/模块;

叁 、寻找宗旨结点物种,用于人工重组微生物组实验,验证互联网的组织和效率;

肆 、呈现分化群众体育间共有或故意的OTU;

 

看图实战(Result)

 

以身作则1. OTU共丰度互联网

微生物,Edwards, J., et al. (2015). PNAS Fig.
2B/C

那篇文章分析了大豆根差异区域的细菌组成,16S解析小说较系统的小说,两年被引用1三十5次,推荐阅读

微生物 2

图5. 共丰度OTU网络,体现与十九烷循环相关的OTU模块

– A.
显示网络分析中拾个与四十烷循环相关的模块,图中全部线为Pearson相关全面大于0.6的多个OTU间的连线;

– B.
单独显示与产丙烷菌、营养共生、二十烷氧化菌和任何乙烷循环作用中度相关的模块119,当中与以上四类相关的OTU添加了假名标签,对图例对应;

– C. 体现模块119在分歧时间和生态位间的丰度变化

 

一 、图中元素解释:以图A为例表达

图中各样点代表2个OTU

图中的连线/边表示不断的多个OTU间Pearson相关周密大于0.6,即有鲜明的正相关。

图中间的颜色代表该OTU处于差异的模块,图中的图注标示差别模块对应的颜料。

二 、图表结果:图中关心了谷物根细菌组相关互连网中与十九烷相关的模块;并展现了中间七个模板示例存在两个与双环戊二烯相关的OTU,并发现那类菌在差异生态位和地面包车型大巴周旋丰度存在鲜明变化。

③ 、经验和技巧:种种模块一般为有关相联很紧密的一组OTU形成的子互连网。在相同套数据中,一般会形成数据从大到小的若干子互联网。本图只关注了正相关的涉嫌,其实还存在很多菌/OTU间负连带的涉及

 

以身作则2. 互联网图展现分歧海拔区域真菌的共有和特有状态

Yang, Teng. et al.” Environmental microbiology 18, no. 8 (2016):
2455-2469.

那篇小说是南土所褚海燕老师组杨腾大学生二零一六年公布在Enviromental
microbiology上的稿子,首要研商了长双鸭山地区不一样海拔分布下树木叶片内生真菌的遍布,商讨真菌的推荐阅读

微生物 3

– 图4. OTU网络图呈现不相同海拔样品真菌属水平的OTU互作。

  1. 图片成分

– 图中各样点代表3个OTU的真菌属,一共有245个属。

– 左边的点表示那几个属只现出在某一一定海拔

– 右边则表示那些属出现在七个海拔地方。

– 图中间为差异海地点的类,与相应的各组相连;

2.
图形结果:图中呈现了分歧海拔特有和集体全体的真菌属数量。个中有65个属出现在颇具的海拔地方,而且这个属所占的丰度达到总测序量的98%。

3.
经历和技巧:此图为利用QIIME的make_otu_network.py程序分析获得的点和边文件结果,纵然叫互联网,个人觉得只是Venn图的变形,依旧展现OTU共有和故意的动静,只是图片感觉更高端大气。而且分类的组可自由定义。比如右下角的OTU
shared 2-5
组,Venn是做不到的。还有图片的配色,黑底绿线白字是否很B格满满,有骇客帝国的痛感。

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