1简介和设置

QIIME2是微生物组分析流程QIIME(结束17.7.13被引77柒拾七次)的崭新版(不是升格版),接纳python3全新编写,并于二〇一八年3月完美接档QIIME,是象征末来的分析方法标准(大牛们创立措施标准,我们跟着用就好了)。

安装

设置格局相比不难,参照官网:https://docs.qiime2.org/2017.8/install/native/\#install-miniconda

 

附1. 大旨概念

原来的小说链接:https://docs.qiime2.org/2017.8/concepts/ 

想要深切掌握QIIME2的解析进程,QIIME定义的基本概念需求通晓一下。 

  1. 数据文件: 人工业生产品 (artifacts) 

QIIME2为了使分析流程规范,分析进度可重新,制定了合并的辨析进度文件格式.qza;qza文件类似于3个查封的种类,里面包含原始数据、分析的进程和结果;那样保险了文件格式的正统,同时能够追溯每一步的辨析,以及图片绘制参数。这一方案为落到实处未来可另行的解析提供了根基。比如小说投稿,同时提供分析进度的文件,别人能够平昔攻读或重新实验结果。 

  1. 数据文件:可视化(visualizations) 

QIIME2生成的图纸结果文件类型,以.qzv为扩大名,末尾的v代表visual;它同qza文件类似,包括分析方法和结果,方便追溯图表是什么发生的;唯一与qza不一致的,它是分析的巅峰,即结果的展现,不会在工艺流程中接二连三分析。可视化的结果包涵总结结果表格、交互式图像、静态图片及其它组合的可视化彰显。那类文件能够采纳QIIME2
qiime tools view命令查看,不安装程序也可在线 https://view.qiime2.org
导入显示; 

  1. 语义类型(Semantic types) 

QIIME2每步分析中发生的qza文件,都有照应的语义类型,以便程序识别和剖析,也防止用户引入不成立的解析过程(如使用末标准化的OTU表展开两种性分析)。驾驭分析各步的结果,才能对分析有更透彻和周详的认识。 

  1. 插件(Plugins) 

QIIME第22中学的有个别特定作用即为插件,比如拆分样品、Alpha两种性分析等。插件每一个人都能够支付,种类已经由社区付出了条件分析的插件,别的用户按其专业支付的一定分析,并可与集团交流公布,或整合入平台。 

  1. 措施和可视化 

主意是对QIIME2定义的输入格式进行操作的历程,并发生标准格式的输出,以方便后续分析,输入和出口均为qza文件;可视化是对定义的科公输盘入,发生总计报表或可视化图形,方便用户解读,输入为qza格式,输出为qzv,文件不仅包含结果,还包涵处理的剖析命令和参数,方便重复和自我批评分析进程是或不是准确。

 

附2. Glossary 名词解释

Action 方法或可视化的动作

A general term for a method or visualizer.

 

Artifact 本流程定义的文件格式,存款和储蓄数据和剖析结果

Data that can be used as input to a QIIME method or visualizer, or that
can be generated as output from a QIIME method. Artifacts typically have
the extension .qza when written to file.

 

Method 对Artifact分析的格局

An action that takes some combination of artifacts and parameters as
input, and produces one or more artifacts as output. These output
artifacts could subsequently be used as input to other QIIME 2 methods
or visualizers. Methods can produce intermediate or terminal outputs in
a QIIME analysis.

 

Parameter 参数,软件或格局中可调动的部分

A primitive (i.e., non-artifact) input to an action. For example,
strings, integers, and booleans are primitives. Primitives are never
output from an action.

 

Pipeline 流程,一种类分析方法的串联

A combination of actions. This is not yet implemented.

 

Plugin 插件,可扩充的职能

A plugin provides microbiome (i.e. domain-specific) analysis
functionality that is accessible to users through a variety of
interfaces built around the QIIME 2 framework. Plugins can be developed
and distributed by anyone. In more technical terms, a plugin is a Python
3 package that instantiates a qiime2.plugin.Plugin object, and registers
actions, data formats, and/or semantic types that become discoverable in
the QIIME 2 framework.

 

Result 分析结果

A general term for an artifact or visualization. A result is produced by
a method, visualizer, or pipeline.

 

Visualization 可视化,把数量绘制成图表方便查看和分析原理

Data that can be generated as output from a QIIME visualizer.
Visualizations typically have the extension .qzv when written to file.

 

Visualizer 可视化学工业具,将结果可视化的软件

An action that takes some combination of artifacts and parameters as
input, and produces exactly one visualization as output. Output
visualizations, by definition, cannot be used as input to other QIIME 2
methods or visualizers. Visualizers can only produce terminal output in
a QIIME analysis.

 

附3. 常用的语义类型semantic types

初稿链接:https://docs.qiime2.org/2017.8/semantic-types/

 

FeatureTable[Frequency]:
频率,即Feature表(OTU表),为种种样品中对应OTU出现频率的报表

 

FeatureTable[RelativeFrequency]:
相对频率,OTU表口径为百分比的相度丰度

 

FeatureTable[PresenceAbsence]:
OTU有无表,呈现样本中有个别OTU有或无的报表

 

FeatureTable[Composition]: 组成表,每一个样品中OTU的效用

 

Phylogeny[Rooted]: 有根进化树

 

Phylogeny[Unrooted]: 无根进化树

 

DistanceMatrix: 距离矩阵

 

PCoAResults: 主成分分析结果

 

SampleData[AlphaDiversity]: Alpha各个性结果,来自样本自己的剖析

 

SampleData[SequencesWithQuality]:
带品质的类别,供给有品质值,须要种类名称与样品存在对应关系,如为按样品拆分后的多寡格式

 

SampleData[PairedEndSequencesWithQuality]:
成对的带品质体系,须要种类ID与样品编号存在对应关系;

 

FeatureData[Taxonomy]微生物,: 每3个OTU/Feature的分类学音讯

 

FeatureData[Sequence]: 代表性体系

 

FeatureData[AlignedSequence]: 代表性种类进行多体系比对的结果

 

FeatureData[PairedEndSequence]:
双端系列举办聚类或去噪后,分类好的OTU或Feature

 

EMPSingleEndSequences:
选择地球微生物组陈设正式实验方法爆发的单端测序数据;

 

EMPPairedEndSequences:
接纳地球微生物组安顿正式实验方法发生的双端测序数据;

 

TaxonomicClassifier: 用于物种注释的归类软件

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