宏基因组测序及分析

微生物,宏基因组测序:

  1. 浓度>=50ng/ul
  2. OD260/280:1.8-2.0
  3. DNA五次须求量>=3ug

宏基因组测序须求提供哪些样品须求?

(1)提供环境微生物的基因组DNA大概扩大与增添产物,OD值在1.8~2.0
之间;样品浓度高于30
ng/ul;每趟样品制备须要10μg样品,假若急需反复筹备样品,则需求样品总量=制备样品次数*10
ug。

(2)DNA样品请置于-20℃保存;请提供DNA样品具体浓度、体积、制备时间、溶剂名称。请同时附上QC数据,包罗电泳胶图、分光光度或Nanodrop仪器检查和测试数据。

(3)样品请置于1.5
ml管中,管上注脚样品名称、浓度以及制备时间,管口使用Parafilm封口。提议使用干冰运输,并且尽量采用较快的邮寄形式,以减低运输进度中样品降解的恐怕性。

 

行使Solexa进行宏基因组测序,测序文库营造方式及质量控制什么?

答:选用Solexa进行宏基因组
DNA测序,首先对特定条件微生物种群全基因组DNA进行提取。在领取微生物种群的DNA后制备DNA文库,具体步骤如下:

(1)将DNA随机打断成200-500bp的部分;

(2)对DNA末端进行修复;

(3)将“A”碱基到场到DNA片段的3’末端;

(4)在DNA片段的后边加上接头;

(5)纯化连接产物;

(6)PCLacrosse扩大与扩充连上接头的DNA片段;

(7)检查和测试测序文库。

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