微生物次生代谢物合成基因组簇查询和展望

二零一七年六月十六日,核酸切磋(Nucleic Acids
Research)杂志上,在线公布了三个可检索微生物次生代谢物合成基因组簇的综合性数据库antiSMASH数据库
4.0版,前3版年均引用2四十七次,累计引物1600+;可已毕基因组与基因组之间的连锁原始产物合成基因簇的查询和展望。

 

治病上运用的多数抗生素和药物均源于植物或微生物的天生产物。结合基因组挖掘的经典分离与分析法使得能鉴定和讲述基于宏基因组的后天产物途径,该进程与讨论结果是先本性产物探究领域中在近二十年来比较立异的技艺。为使该技能能为更为广大的探讨者使用,许多确切的软件被确立。antiSMASH自二零一零年盛开以来,在次生代谢物基因组挖掘上带来了重点的熏陶。可是,antiSMASH只好分析一个(单独的)基因组来进展基因组挖掘,它无法提供基因组之间的穿插或互相连接的成效关系。因此,讨论者在文章中树立了antiSMASH数据库,该数据库包罗了拥有NCBI
GenBank数据库上揭穿了(截至至2015年六月2三日)的可用的细菌基因组信息(3907海洋生物物种的8883条新闻)。

 

antiSMASH数据库能为研商者提供二个使用方便、注释了的生物合成基因簇最新集合,可以让商讨者在提供复杂的题材以往轻松地进行基因组之间的分析。我在篇章中提供了antiSMASH的连带网站音讯,并在实例中以链霉菌中核糖体合成并拓展转录后翻译且不是lantipeptides的基因簇举行搜索,为读者提供了直观的牵线。

 

# 官方主页

http://antismash.secondarymetabolites.org/

# 直接解析NCBI的基因组编号 

  1. 访问NCBI主页 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

  2. 自小编批评某细菌:类型选取“Genome”,检索根癌农自养菌 “ Agrobacterium
    tumefaciens LBPhaeton213
    ”,可以找到唯一结果会本人打开,页面为 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=Agrobacterium+tumefaciens+LBA4213

3.
找ID:页面中从未基因组连串的ID,点击genome链接会下载该基因组,右键复制链接中总结其ID,如此链接为ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/000/576/515/GCF_000576515.1_ASM57651v1/GCF_000576515.1_ASM57651v1_genomic.fna.gz
其中的” CF_000576515.1 “即为NCBI ID

  1. 在Antismach主页中找NCBI acc #处,填写NCBI ID,点Submit提交即初始运转

 

上传某些新细菌基因组

访问 http://www.at-sphere.com/,那里有几百个新测序的细菌基因组;

点击左边 assemblies 链接,会现出细菌列表;

咱俩下载Leaf1

解压后为.fna的fasta文件

AntiSmach页面选拔Upload file

直白接纳上传文件,并submit即可

 

全基因组注释,运转时刻会很久,义务也大概清除,需求等很久。也得以团结安装软件的当地版,在本土统计结果

 

结果证实

图片 1

上图为自家分析的AT-Sphere中根际Root107编号菌基因组的结果

  1. Select Gene
    Cluster为找到的基因簇的列表,共有9三个,其中高亮的有次级代谢产物相关,灰度一般为底蕴代谢物,如糖、脂等; 

  2. Identified 上边为详细的列表; 

  3. 点击上方簇编号可观看各类簇的事无巨细结构和基因注释; 

图片 2

有基因结果图,各种基因注释,可以鼠标悬停突显,上面还有类似的细菌基因结构

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