扩增子图表解读6韦恩图微生物

韦恩图 Venn Diagram

微生物 1

Venn
Diagram,也称韦恩(韦恩)图、维恩图、文氏图,用于显示元素集合重叠区域的图示。

 

韦图绘制工具

常用R语言的VennDiagram包绘制,输出PDF格式方便修改。另外还有特别多的在线工具,使用方便。微生物,详见“轻松绘制各类Venn图”

 

韦恩(韦恩(Wynne))图在扩增子中用途

呈现各个品和组间共有、各组特有的OTU;由于此类结果缺乏统计襄助,假阳性率高,近期接纳越来越少。

来得各组间差距OTU共有或特有事态;较常用。

来得差距OTU所属的Taxonomy归类后的共有或特有情状;当在OTU水平重叠结果不佳,可按分类学级别逐级提升找规律。

 

看图实战(Result)

 

以身作则1. 差别OTU共有或故意

Edwards, J., et al. (2015). PNAS Fig.
2B/C 

这篇小说分析了水稻根不同区域的细菌组成,16S解析著作较系统的著述,两年被引述147次,推荐阅读

微生物 2

图2.B/C 韦恩图呈现根不同区域丰盛或下落的OTU的共有和特有事态

  1. 图中元素解释


图顶部Enriched或Depleted标签代表OTU的档次,分别表示OTU是明确富集/上调,如故不言而喻消减/下调;

– 两图中间图注颜色,紫、绿和蓝分别表示根际、根表和根内;


图中非交汇部分为各类组特有,图中重叠部分为重叠各组共有,并将数字标示在该限制内;如B中仅蓝绿重叠区的175意味着仅在这两者在共有的OTU数量;而中等的96表示在三组中均共有的OTU。

2.
图纸结果:图中显示根际、根表和根内,无论富集仍然消减类型中大部分为共有的OTU;这一结果讲明,根系微生物组的形成过程,可能是由根际、根表和根内日趋成立起来。

3.
经验和技能:合适的水彩和透明度选拔很关键;能够将各个标签也添加对应颜色更易于区分各组;多韦恩图并排,有利于进一步的可比和法则意识

 

以身作则2. 韦恩(Wynne)图相比较共有细菌科

 

Lebeis, S. L., et al. (2015).
Science

那篇小说是Dangl组2015年Science,是最早植物人工重组菌群的稿子,研讨了植物水杨酸对微生物组的影响,开山之作值得阅读

微生物 3

– 图1. 植物防御激素突变体改变根细菌群体。 D.
上图显示二种水杨酸(SA)下调突变体sid2,
pad4和双突DEPS二种材料中差别科水平共有和特有事态。左图为共同富集的科、右图和联合下调的科;


图表结果:讲明三种突变体在科水平上对细菌群体的调控规律的一致性较好,也愈来愈验证这几个差别科的真正;


作图经验:分类学上分为界、门、纲、目、科、属、种,还有人为定义的OTU,到底在那一层面实行Venn图相比较。采纳的规范是先用OTU,假使没有发现很好重叠,很可能是在更高级别分类水平的职能重合,从底部属向上尝试。本啄磨是找到科水平有较好同一结果

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