奥门美高梅手机版作为一个BI

二零零六年,高中生物老师口中的一句话铺就了自家随后的事情轨迹。

……21世纪是生命科学的世纪,生命科学历史上挨家挨户发展兴起的分子生物学、基因组学、生物信息学就是生命科学发展的知情人。哦,对了,生物新闻学你们还没听过吧。简单来讲就是因此电脑科学和数目协理生物学家从多量数量中筛选出可供检测分析的小批量数据的一门科目……

-某高中生物老师

不知不觉,在海洋生物音讯圈混了10来年了,生物学也一度从“世纪学科”变成了候委员长口中“学生物可惜了”的课程。

NIH的一张基因组测序价格与电脑届鼎鼎大名的Moore定律比较图和末段更新于2016年3月的文章向我们来得了生命科学,越发是基因组学在近15年来发展的快慢之快。

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2001-二〇一五年单位基因组价格变化趋势

那张图在我看来最大的感应就是,天啊,这一须臾间造福了如此多,数据量的暴增给IT和BI带来了赫赫的压力。于是,大量IT公司涌入生物届,生物新闻学专家也一时改为了“香饽饽”。

一个BT跟IT提起技术栈,肯定会涉嫌perl和R,那些时候你旁边的IT肯定是懵的。
“perl不是黑客才用的吧?R又是何等东西?”
“BI的社会风气你不懂!”

自我不可比技术的好坏,但可以说说自己的经历和理念。

IT技术在生命科学圈的利用可谓大放光彩。NCBI的大方产品和服务构建在严肃的IT技术架构上;高质量计算为许多的探究机关提供了海量数据处理的力量;AWS、阿里云等云统计厂商为无数未曾IT设备的基因集团提供了数分钟打造一个数据基本的力量(当然,票子要跟得上)……


IT技术的施用也推动了数码处理格局的转移,举多少个栗子:

  • 当您要查一个rs号为671相应的SNP在基因组什么地点的时候,咱们如何做?

    1. 您默默的打开浏览器,打开搜索网站,搜索NCBI dbSNP,打开该网站,在检索框中输入rs671奥门美高梅手机版,,打开第一条标记为人的记录,好了,新闻出来了,大概长这一个样子;

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dbSNP页面

  1. 你默默的用Excel打开早就准备好的从UCSC的FTP下载下来的txt文件,,,然后

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Excel已偃旗息鼓工作

  1. 你打开万恶的终极,用鸟哥教你的命令行开端工作,20秒后结果出来了;

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由此标准Linux命令行查找SNP

观察那里的岗位和浏览器中的差距了啊?呃,那一个是其余一个”one-based /
zero-based”的题材,回头再说。

  1. 你默默的切回刚刚的命令行,链接了早早导入数据的数据库,经过简短的SQL语句,就可以眨眼间间找到呼应音信;

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经过MySQL数据库查询SNP

急需申明的是,我在将UCSC数据导入到数据库前对数据做了一部分甩卖,所以微店看起来是和浏览器上查到的如出一辙的,而不是源文件中原始数值。

  • 对于HiSeq
    X测序仪的用户,查看下机数据产量是再反复不过的事情,经过bcl2fastq程序识别碱基后怎么看每个Lane的产量?

    1. 您登陆服务器,打开碱基识别后的文件夹,下载./Reports/html文件夹,用浏览器打开了index.html文件,大概长这些样子;

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一个流动槽的产量计算新闻

  1. 假若你是一个极客,讨厌把东西下载到本地或者用ssh -X ...的样式打开浏览器看报表,你可以进去刚刚的碱基识别输出文件夹,在Stats文件夹里躺着一个DemultiplexingStats.xml文本,那是条件的文书总结文件,长这么;

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XML计算文件样式

新版的bcl2fastq会生成一个Stats.json文件,看起来更简明

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JSOn总结文件样式

  1. 既是你早就获得那么些计算文件了,用几行JavaScript代码后,8个Lane的数目产量就成为那样了。

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8个Lane的数额产量计算


这一次就享受七个大约的栗子,不是表达数字越大,方法越好,只是想表明同一个作业可以有越多的解决办法。

身为生信,做好基本数据解析的同时,借用一些曾经成熟的IT技术往往可以让大家做事一语双关,让祥和想表现的东西越来越直观。大家是理科生,但也有心境,也有对群众美的求偶,不是啊?

参考:

  1. 穆尔定律,
    https://en.wikipedia.org/wiki/Gordon\_Moore\#Moore.27s\_law
  2. NIH对2001-二〇一五年测序价格变动的总结作品,https://www.genome.gov/sequencingcostsdata/
  3. 本身最终一个图使用的JavaScript作图工具,HighCharts,https://www.highcharts.com

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